Le rapport du groupe de travail « Cahier de laboratoire électronique » (ELN) présente une vision partagée sur la définition, le cadrage, les usages et le périmètre fonctionnel de l’ELN, qui doit pouvoir s’intégrer dans les environnements informatiques et institutionnels existants. Il émet un ensemble de recommandations sur les critères de choix d’un outil et intègre une liste comparative d'outils existants.

Rapport du Groupe de travail sur les Cahiers de Laboratoire électroniques

Septembre 2021

Consulter le rapport sur HAL

1 Contexte et objectifs du document

1.1 Contexte

Le cahier de laboratoire est un journal de bord utilisé pour détailler au quo­tidien les activités liées aux projets de recherche. Il assure le suivi du descriptif des expériences et des protocoles utilisés ainsi que les contributions de chacune et chacun. Son utilisation permet de répondre aux exigences de la démarche qualité et de l’intégrité scientifique en garantissant la traçabilité de la méthode scienti­fique, la reproductibilité des données et des résultats de recherche. Il permet, ainsi devant les offices de brevets, d’établir la preuve de l’invention, de ses inventrices ou inventeurs et donc de ses ayants-droit.

Le cahier de laboratoire électronique est la version numérique dématérialisée du cahier de laboratoire. Le terme « électronique », souvent remplacé par « nu­mérique » pour d’autres domaines est l’adjectif le plus fréquemment employé pour les cahiers de laboratoires.

De par sa position au cœur de l’activité de recherche et son rôle dans la gestion et la protection de la connaissance scientifique, le cahier de laboratoire électro­nique est un outil stratégique essentiel qui s’inscrit pleinement dans une démarche de science ouverte. En outre, il doit répondre aux mêmes objectifs et enjeux scien­tifiques que le cahier papier, c’est pourquoi le choix de l’outil, son paramétrage et son utilisation, sont ainsi d’une importance capitale.

Afin d’éclairer les choix qui sont faits par les équipes scientifiques parmi les différentes solutions actuellement disponibles, un groupe de travail a été créé dans le cadre collège des données de la recherche du Comité national pour la science ouverte.

Terminologie : Dans la suite de ce document ainsi que dans l’ensemble des travaux produits par le groupe de travail, le cahier de laboratoire électronique est désigné par l’acronyme ELN (Electronic Lab Notebook). Le choix de l’anglais a été proposé afin d’éviter toute confusion, l’acronyme CLE étant déjà utilisé pour désigner un déploiement spécifique de cahier de laboratoire électronique.

1.2 Mission du groupe de travail

La lettre de mission du groupe (en annexes) précise l’objectif du groupe de travail qui vise à proposer une méthodologie d’analyse aux équipes scientifiques ayant à faire le choix d’un cahier de laboratoire électronique, en fonction de leurs besoins spécifiques. Pour réaliser cette étude, le groupe de travail s’est ainsi fixé plusieurs étapes :

  • Établir une vision partagée sur la définition, le cadrage, les usages et le périmètre fonctionnel du “cahier de laboratoire électronique” (voir section 2).
  • Produire un ensemble de recommandations relatives à l’interopérabilité entre les différents outils de cahiers de laboratoire électroniques et d’autres outils ou systèmes d’information déjà utilisés. En effet, les cahiers de labo­ratoires doivent pouvoir s’intégrer, sans difficulté, dans les environnements informatiques déjà existants (y compris les entrepôts de données), en par­ticulier dans un contexte académique français multi-tutelles (voir section 3).
  • Produire un ensemble de recommandations sur les critères de choix d’un ou­til, en fonction des besoins métiers, des disciplines et domaines de recherche, ainsi que des contraintes institutionnelles (voir section 4).
  • Établir une liste comparative de certains outils existants selon les critères recommandés pour mesurer leurs performances et/ou pertinence suivant les contextes d’usages (voir section 5).
  • Produire un ensemble de recommandations permettant de mener à bien le projet d’implantation d’un ELN (voir section 6).

Il est rappelé que l’objectif du groupe est de proposer des critères d’aide à la décision et non de fournir des éléments absolus de comparaison entre différents outils, ni de préconiser le choix d’un outil unique pour l’ensemble de la communauté de l’enseignement supérieur et de la recherche.

1.3 Constitution du groupe

Le groupe de travail est composé de 16 personnes issues de différents établis­sements, représentant la diversité scientifique de l’enseignement supérieur et de la recherche. Chaque membre, selon sa discipline et son expérience, a su apporter son expertise, d’un point de vue:

  • Scientifique/expérimentateur : avec une vision de terrain, en tant qu’uti-lisateur
  • Juridique et stratégique, en considérant les aspects liés à l’intégrité scientifique, à la propriété intellectuelle et à la valorisation du contenu.
  • Technique, tant en matière d’infrastructures et de l’hébergement d’outil, qu’en matière de problématique de gestion de données, d’interopérabilité et de sémantique.

1.4 Fonctionnement du GT

Le groupe de travail a réalisé ses travaux entre novembre 2020 et juillet 2021. Les échanges ont eu lieu uniquement par visioconférence sous la forme :

  • de réunions plénières qui se sont tenues mensuellement pour une durée d’une heure.
  • d’ateliers qui ont été proposés aux membres du GT, pour travailler sur des sujets particuliers.
  • De façon exceptionnelle, des personnes extérieures ont participé à certaines sessions, ou ont été sollicitées pour des réflexions et échanges sur des points particuliers. La liste des personnes concernées est fournie en annexe.

Par ailleurs, les travaux ont été coordonnés avec ceux du groupe de travail « Réussir l’appropriation de la science ouverte » 1 piloté par Anne Vanet au sein du Comité pour la science ouverte et avec le projet « Cahiers de laboratoire électro­niques », en cours au CNRS, piloté par Nathalie Léon et Domenico Libri. Pour cela, le groupe de travail a compté dans sa composition un membre nommé au sein du collège de données, un membre du groupe de travail « Réussir l’appropriation de la science ouverte », ainsi que les deux co-pilotes du projet du CNRS.

1.5 Finalité du rapport

Le groupe de travail a formulé des recommandations pour le choix des cahiers de laboratoire électroniques sous forme, d’une part, de ce rapport, qui reprend le cheminement du groupe de travail, présente les outils et des exemples de leur utilisation, et, d’autres part, d’outils méthodologiques :

  • une grille de critères pour l’aide au choix d’un cahier de laboratoire électro­nique (tableau éditable, avec formules de calcul incluses); les critères sont accompagnés de propositions de pondération en fonction des usages;
  • des recommandations pour la conduite d’un projet de choix et de mise en place d’un cahier de laboratoire électronique;
  • une fiche synthétique présentant de manière brève et concise les travaux du groupe.

Accéder aux sources LateX du rapport 

Accéder à la Grille de critères pour le choix d’un Cahier de Laboratoire électronique

Les versions sont mises à disposition selon les termes de la licence Creative Commons CC BY-SA 4.0 Attribution – Partage dans les mêmes conditions.

 

 

Sommaire

1. Contexte et objectifs du document

1.1 Contexte

1.2 Mission du groupe de travail

1.3 Constitution du groupe

1.3.1 Pilotes
1.3.2 Membres

1.4 Fonctionnement du GT

1.5 Finalité du rapport

2. Définition et périmètre : une vision partagée du cahier de laboratoire électronique

2.1 Définition

2.2 Périmètre

2.2.1 Personnes concernées

2.2.2 Usages

2.2.3 Outils connexes

3. Recommandations relatives à l’interopérabilité entre différents outils

3.1 Interopérabilité

3.2 Recommandations

3.2.1 Co-tutelles
3.2.2 Intégration
3.2.3 Accès aux données
3.2.4 Sauvegarde et archivage

3.3 Résumé

4 Recommandations sur la procédure de choix d’un outil

4.1 Besoins

4.1.1 Recueillir les souhaits des différents acteurs
4.1.2 Prendre en compte la discipline et les modalités de pratique
de la recherche
4.1.3 Réfléchir au niveau de sécurité attendu
4.1.4 Réfléchir au niveau d’implémentation de l’outil
4.1.5 Identifier les systèmes qui seront en interaction avec l’ELN

4.2 Établir les critères de choix

4.2.1 Caractéristiques techniques et fonctionnelles
4.2.2 Autres critères

4.3 Identifier les offres du marché

4.4 Évaluer les offres selon les critères établis

4.4.1 Notation
4.4.2 Pondération
4.4.3 Présentation des résultats
4.4.4 Importance relative des différents critères

5 Liste comparative d’outils

5.1 Choix des outils étudiés

5.2 Résultats

5.3 Commentaires

6 Mener à bien un projet d’implantation d’un ELN

6.1 Introduction

6.2 Parties prenantes et pilotage du projet

6.3 Avant-projet

6.4 Phase pilote

6.5 Appel d’offres

6.6 Déploiement

6.7 Changement d’outils

6.8 Accompagnement du changement

6.9 Profils et dimensionnement en RH

6.10 Situation de co-tutelle

7 Conclusion

A Annexes

A.1 Contributeurs hors GT

A.2 Lettre de mission du GT

A.3 Vision détaillés des usages - approche observationnelle

A.3.1 Démarche ethnographique et analyse « qualitative » (sociologie, anthropologie, design, recherche participative, etc.)
A.3.2 Collecte et enregistrement de données dans des environnement contraints (archéologie, sciences de l’environnement)

A.4 Description des critères

A.5 Liste des outils analysés et non analysés

B Glossaire et abréviations